Hugo Chávez, akinek rendszeresen vannak vitái a helyi katolikus egyházzal, azzal vádolta az egyházfőt, hogy nem vesz tudomást arról a népirtásról, amelyet Kolumbusz Kristóf 1492-es Amerikába érkezése után követtek el az európai hódítók a bennszülött indiánok ellen.
XVI. Benedek brazíliai látogatása végén latin-amerikai és karibi püspökök előtt mondott egyik beszédében azt mondta: a római katolikus egyház nem erőltette rá magát az amerikai bennszülött indiánokra, hanem megtisztította őket. A térség indián vezetőit felháborította ez a kijelentés.
A katolikus egyház által támogatott gyarmatosításnak több millió indián esett áldozatul, részben úgy, hogy lemészárolták, rabszolgasorba vetették őket, részben az európaiak által behurcolt kórokozók, illetve járványok következtében.