A döntés valóságos politikai földcsuszamlást okozott Münchnenben és Berlinben is, ahol a Németországban kormányzó nagykoalíció másik két pártja, a konzervatív CDU és a szociáldemokrata SPD meglehetős aggodalommal fogadta a történteket, és reményét fejezte ki, hogy mielőbb lezárul a hatalmi harc a kisebbik konzervatív pártban.
Edmund Stoiber rövid nyilatkozatban közölte, hogy szeptemberben leköszön mind a bajor kormányfői, mind a CSU-elnöki tisztségéről. Hangoztatta, hogy Bajorország és a CSU érdekében döntött így.
Közölte, hogy nem indul a tartományi miniszterelnöki tisztségért a 2008-as helyi parlamenti választokon, és szeptember 30-ai hatállyal távozik a kormányfői posztról.
Ugyancsak közölte, hogy a kis konzervatív párt szeptemberi kongresszusán nem jelölteti magát a CSU elnöki tisztségére. Utalt arra, hogy a párt vezetőivel megállapodott: a kongresszuson megválasztják utódját, továbbá ugyancsak döntés születik a CSU miniszterelnök-jelöltjéről a jövő évben esedékes tartományi parlamenti választásokra.
A pártelnök-miniszterelnök hivatalos bejelentése előtt olyan értesülések láttak napvilágot, amelyek szerint a CSU helyi vezetői előzetesen megállapodtak Edmund Stoiber utódlásáról.
Müncheni CSU-források szerint a javasolt megoldás értelmében kettéválasztanák a pártelnöki, illetve a tartományi kormányfői tisztséget, s az előbbit Erwin Huber bajor gazdasági miniszter, míg az utóbbit Günther Beckstein tartományi belügyminiszter töltené be.
Ellentmondott ennek a konzervatív Bundestag-frakción belüli CSU-képviselőcsoport vezetője. Peter Ramsauer Berlinben kijelentette: véleménye szerint még nem született végleges döntés az utódlásról.
Szerinte a pártelnöki poszt betöltésébe beleszólást kell biztosítani a Bundestagban helyet foglaló CSU-képviselőknek is. Személy szerint Horst Seehofert és Michael Glost látná alkalmasnak a posztra. Az előbbi a mezőgazdasági, az utóbbi gazdasági miniszter Angela Merkel szövetségi kormányában.
A 65 éves Stoiber 1993 óta áll a bajor kormány élén, és 1999 óta tölti be a CSU elnöki tisztségét. A korábban országosan is rendkívül nagy tekintéllyel rendelkező, jogászból lett politikus népszerűsége azonban az általa elkövetett hibák és egy lehallgatási botrány miatt az elmúlt időszakban a mélypontra süllyedt.