Az egyik legnépszerűbb elmélet, nem utolsósorban azért, mert halálos ágyán maga Alekszandr Litvinyenko is őt nevezte meg közvetett gyilkosaként. Az orosz elnöknek múltjából adódóan kiváló titkosszolgálati kapcsolatai vannak, a Kreml természetesen tagadja, hogy bármi közel lenne a volt ezredes halálához. Az orosz sajtó szerint Litvinyenko egyszerűen túl kis hal volt ehhez, ráadásul kissé furcsa a volt kém lassú halála is, amely napokig hatalmas publicitást biztosított az ügynek, sokat ártva Oroszország hírnevének. Így hát sokak szerint logikus következtetés, hogy akiknek igazán érdekükben állt Litvinyenko lassú halála, azok...
2. Az orosz elnök belső ellenségei
Természetesen elsősorban Moszkvában népszerű elmélet az, hogy a volt kémet "feláldozták" azért, hogy bosszantsák Putyint. Ráadásul nem ez lenne az első eset, hogy egy nagy nemzetközi találkozó előtt így próbálják meg kényelmetlen helyzetbe hozni a Kremlt, hiszen Anna Politkovszkaja újságírónőt közvetlenül az orosz elnök németországi látogatása előtt lőtték agyon. Litvinyenko nagy nyilvánosságot kapott haldoklása pedig napokkal a finnországi EU-Oroszország csúcs előtt járta be a világsajtót. "Vannak megbízható információink arról, hogy többen, akik régóta bujkálnak az orosz igazságszolgáltatás elől, olyan terveket dédelgetnek, amelyekkel valaki feláldozásán keresztül szeretnének oroszellenes érzelmeket kelteni" - jelentette ki Vlagyimir Putyin az újságírónő halála után.
3. Putyin külföldi ellenségei
Az orosz lapok egyik elsődleges gyanúsítottja a Londonban élő volt oligarcha, Borisz Berezovszkij. A kommunizmus bukása után vagyonossá lett üzletember sokáig az orosz elnök szövetségese volt. Miután Angliába menekült, sokáig harcolt a kiadatása ellen. A jelenlegi elnök elszánt ellenségeként több menekültet is pénzelt, többek között Alekszandr Litvinyenkót. A volt kém (még ügynökként) egyébként egyszer megmentette Berezovszkij életét, amikor figyelmeztette egy készülő merényletre. Ezután közeli barátok lettek, éppen ezért az őket közelről ismerők kizártnak tartják, hogy a volt oligarcha rendelte volna el Litvinyenko meggyilkolását.
4. Az orosz elnök belföldi ellenségei
A Kremlön belüli törésvonalak egyike egy nacionalistákból és keményvonalas katonákból és hírszerzőkből álló csoport, akiket "szilovikinek" neveznek. Többen közülük Putyint veszélyesnek tartják Oroszországra, mert az ország szerintük összeomlik és ezért lassan elveszíti az ellenőrzést egyes területek (például a Kaukázus) felett. Nekik jól jöhet Putyin meggyengülése a 2008-as parlamenti választások előtt.
5. Vlagyimir Putyin barátai
A "Méltóság és Becsület" egy olyan állítólagos csoport, amelyet volt KGB-ügynökök alakítottak, akik saját háborút viselnek a Putyint lejáratni kívánó disszidensekkel szemben. Egy elmélet szerint Litvinyenkót a Spetsnaz orosz különleges szervezet tagja, "Igor, a méregkeverő" gyilkolta meg. Az ő neve állítólag szerepel azon a listán, melyet Mario Scaramella, az olasz Mitrohin-bizottság tagja nyújott át Litvinyenkónak megmérgezése napján. A listán állítólag szerepel Berezovszkij, Politkovszkaja és Scaramella neve is.
6. Egyéb ellenségek
Litvinyenkónak a Kreml-n kívül is sok ellensége volt. Az 1990-es évek végén például két volt titkosszolgálati főnökét gyanúsította gyilkosságok megtervezésével. Az egykori kém könyvet is írt, melyben azt állította, hogy az orosz titkosszolgálat a felelős több moszkvai lakóház felrobbantásáért, amit aztán a csecsenekre fogtak.
7. Öngyilkosság
Talán ez a legképtelenebb elmélet, mely szerint Litvinyenko annyira gyűlölte Putyint, hogy képes volt megölni saját magát annak érdekében, hogy hiteltelenítse.
8. Baleset
Régóta folyik a radioaktív anyagok kereskedelme a rosszul őrzött orosz nukleáris telepekről. A Nemzetközi Atomenergia-ügynökség becslése szerint 1991 és 2002 között mintegy 40 kilogramm, fegyverekben is használható urániumot és plutóniumot loptak el a volt Szovjetunió területén. Az elméletet alátámaszthatja, hogy a Litvinyenko szervezetében talált polonium-210-et lehetetlen átlagos üvegben, folyékony állapotban tárolni, mert a felmelegedés túl erős lenne.