Erről a lehetőségről kérdezte ki összesen 24 órán keresztül külön-külön a kislány szüleit a portugál rendőrség csütörtökön és pénteken. A jelek szerint a rendőröknek meggyőződése, hogy a kislányt véletlenül meggyilkolták a szülei.
Ha valaki előre eltervez egy gyilkosságot, azt is végiggondolja, mit csináljon a holttesttel. Ha a gyilkosságot hirtelen felindulásból vagy véletlenül követik el, a legtöbb tettes pánikba esik, és vagy elmenekül, vagy kitalál valamit a gyilkosság megmagyarázására, vagy eltűnteti a holttestet.
Egy gyermek apró testét könnyen el lehet rejteni egy lyukban vagy gödörben is; még ha az ember nem ismeri jól a környéket, akkor is viszonylag könnyen talál rejtekhelyet.
Később pedig, ha a nyomozás úgy alakul, visszatérhet, hogy megfelelőbb rejtekhelyre vigye a holttestet.
Második lehetőség: A portugál rendőrség hamisan vádolja Kate és Gerry McCannt, ahogyan azt a családtagjaik állítják
Ezt a lehetőséget nagyon kevéssé tartja valószínűnek az egykori főfelügyelő, aki szerint bár a portugál rendőrség a nyomozás elején követett el hibákat, a szülők meggyanúsítása jelentős lépés. A leglényegesebb bizonyíték az apartmanban talált vérnyomok DNS-vizsgálata - a vérmaradványokat a brit rendőrség kutyái fedezték fel, a DNS-vizsgálatot is brit laboratóriumban végezték.
Ha meglenne Madeleine holtteste, akkor valaki ráterelhette volna a gyanút a McCann-házaspárra azzal, hogy elhelyezi a vérmaradványokat az apartmanban. Így azonban senki nem tudta meghamisítani a nyomot.
Harmadik lehetőség: A családi Renault-ba kereszt-szennyezéssel, vagy véletlenül, a csomagokról került a kislány vére
Ez csak akkor lehetséges, ha a DNS-maradványok minimálisak; hajból, vérből vagy izzadságból származnak. Ebben az esetben elméletileg elképzelhető, hogy például egy nyomozó kesztyűjéről kerültek a kocsiba, aki korábban egy másik helyszínen volt, és nem cserélt kesztyűt közvetlenül az után, hogy egy korábban talált mintát a bizonyítékgyűjtő zacskóba rakott.
Ha azonban a britek vérnyomot találtak az autóban, méghozzá vizsgálatra elegendő mennyiségben, akkor kizárt, hogy a maradványok véletlenül kerültek volna oda. A vérnyom nagyon erős bizonyíték, különösen akkor, ha olyan helyen találják meg, ahol semmi keresnivalója.
Negyedik lehetőség: Madeleine-t elrabolták, és a támadója ugyanazt az autót bérelte ki, amelyet később a család
Ennek az esélye millió az egyhez. A portugál rendőrségnek le kellett ellenőriznie, ki bérelte ki korábban az autót, és ki kellett kérdeznie minden korábbi használóját, hogy biztos legyen abban: nincs más magyarázat arra, hogyan került a kislány vére az autóba. "Ha én vezetném a nyomozást, megtettem volna ezt, méghozzá kétszer-háromszor is ellenőriztem volna az autó minden egyes korábbi bérlőjét" - tette hozzá az egykori rendőr-főfelügyelő.