Európában az első megerősített koronavírusos eseteket január 24-én, Franciaországban jelentették be. Az Egészségügyi Világszervezet (WHO) január 30-án életbe léptette a világméretű egészségügyi vészhelyzetet, egy nappal később megtartotta a Koronavírus-járvány Elleni Védekezésért Felelős Operatív Törzs az első ülését, amelyen közel harminc pontos akciótervről döntöttek.
A XXI. Század Intézet friss elemzése szerint kiemelt jelentőségű, hogy a közel kétmillió lakosú és a járvány szempontjából legveszélyeztetettebb Budapest vezetése is gyors és hatékony döntéseket hozzon annak érdekében, hogy a kezelésében álló intézményekben, illetve a hatáskörébe tartozó területeken megelőzze a járvány terjedését. Karácsony Gergely mégis csak egy hónappal az országos operatív törzs megalakulása után, február 28-án döntött a fővárosi operatív törzs felállításáról, és az első érdemi döntésekről csak március 14-én tájékoztatták a közvéleményt, ekkor a kormány már három napja kihirdette a járvány miatti veszélyhelyzetet és számos korlátozó intézkedés meghozataláról döntött.
Az elemzés szerint a főpolgármester hibázott az ingyenes parkolás ügyében is, mert sokáig úgy nyilatkozott, hogy „a parkolás ingyenessé tétele rossz döntés lenne, így is túl sok az autó Budapesten”, és „valódi káosz lenne” a parkolás ingyenessé tételével, miközben számos európai nagyváros, például Bécs már meglépte ezt. Végül április 5-én a kormány tette az ország egész területén ingyenessé a parkolást. A tapasztalatok nem igazolták a főpolgármester várakozását, a parkolóhelyek száma ugyan csökkent, de a járványügyi szakemberek egyetértettek azzal, hogy inkább növekedjen meg a forgalom a városban, mintsem a zsúfolt tömegközlekedési eszközökön megfertőződjenek az emberek.
A kutatás szerint a tömegközlekedés megszervezésében is téves döntéseket hozott Karácsony Gergely, március 17-én nyári szünidei menetrendre váltott a BKV, majd a tömegjelenetek után, amelyről maga a főpolgármester is beszámolt, végül utasította a BKK vezérigazgatóját, hogy további járatsűrítésekkel vegyék elejét hasonló jelenségeknek, és az utasok egymástól kellő távolságra tudjanak utazni a közösségi közlekedésben. Karácsony végül május 5-én felmentette a BKK vezérigazgatóját.
A XXI. Század Intézet elemzése szerint szintén komoly hibát követett el a főváros balliberális vezetése a fenntartásában álló idősotthonok kapcsán is. Április elején derült ki, hogy a fővárosi fenntartású Pesti úti idősek otthonában elharapózott a járvány, de a nyilvánosság csak április 3-án szerzett arról tudomást, hogy az otthonban megjelent a vírus. Karácsony Gergely még ekkor is csupán 5 igazolt esetről és 13 potenciális megbetegedésről tájékoztatta a közvéleményt, de a valóságban ekkor már 64 földszinti lakó szobakaranténba került – áll az elemzésben.
Május közepére a 100 idősek otthonában bekövetkezett halálesetből 74 a budapesti idősotthonokban történt, csak a Pesti úti otthonban 42 ember halt meg. Az adatok szerint a fővárosi intézmények minden tizedik lakója igazoltan megfertőződött. Karácsony Gergely ennek ellenére azt állítja, hogy a főváros minden szabályt betartott, ráadásul mind a mai napig nem látogatott el az otthonba. Szintén azt állította, hogy mindvégig volt orvosi ellátás az otthonban, miközben több vizsgálat is megállapította, hogy ez az állítás nem igaz – áll az elemzésben, amely megállapítja, hogy Karácsony Gergely mulasztást követett el az ügyben, mert más nagyvárosok polgármesterei időben léptek és így elkerülték az idősek otthonaiban a tömeges fertőzést.
"A főpolgármester a közösségi oldalára feltöltött videóban és nyilatkozataiban a saját hibáit elfedve rendre a kormányzati intézkedéseket kritizálta és rombolta a járványügyi intézkedésekbe, illetve az egészségügyi ellátórendszerbe vetett társadalmi bizalmat" – írja az elemző, és példaként említi, hogy március 16-án arról beszélt, hogy „más országok sokkal bátrabb lépéseket tettek, mint Magyarország”, emellett alulfinanszírozottnak és gyenge lábakon állónak nevezte az egészségügyet, amely szerinte a járvány következtében „össze is omolhat”. Az idő nem igazolta a várakozásait, hiszen a nemzetközi összehasonlításban Magyarországon alacsony maradt a fertőzések száma, ráadásul az egészségügyi rendszer egy több tízezres, tömeges fertőzésre is felkészült.
A főpolgármester nem támogatta a koronavírus elleni védekezésről szóló törvényt sem, noha a nyilvánosságban arról beszélt, hogy „a koronavírusnak nincsen nemzetisége, se pártállása", de szerinte 90 napnál hosszabb időre nem adhat felhatalmazást az Országgyűlés a kormánynak. Az elemzés szerinte ellentmondásba keveredett Karácsony Gergely, mert márciusban még azt követelte, hogy a települési sajátosságokra figyelemmel differenciált szabályozás kell és bizonyos hatásköröket saját magához kívánt csoportosítani, amikor a kormány arról döntött, hogy hétvégenként az önkormányzatok saját hatáskörben további szigorításokról dönthetnek, akkor már kritizálta a döntést és azt nyilatkozta, hogy a kormány a polgármesterekre „áttolta a felelősséget”.
Szintén ellentmondásba keveredett a szigorítások fenntartásával kapcsolatban. Április 17-én a főpolgármester még azt írta a közösségi oldalán, hogy egyetért Orbán Viktorral abban, hogy Budapestre különleges szabályoknak kell vonatkozniuk, mivel „Magyarország legnagyobb és legsűrűbben lakott városa a főváros, ezért itt a legnagyobb a járványveszély”. Április 29-én pedig arról írt, hogy azzal is egyetért, hogy „még nincs itt az ideje annak, hogy Budapesten és környékén enyhítsük a korlátozó intézkedéseket”. Pár nappal később ugyanakkor már – éles kommunikációs fordulatot véve – a korábban általa követelt különleges budapesti szabályok kapcsán arról beszélt, hogy a kormány „politikai alapon bünteti a budapestieket”, és a korlátozások feloldását követelte.