Az NFM közleménye szerint az új kihívások következtében és a megváltozott világgazdasági környezetben a tárca hatékonyságának növelése és az ágazati stratégiák sikeres végrehajtása érdekében időszerűvé vált a minisztérium belső szervezetének és működésének átalakítása. Az új felépítés a korábbinál egyszerűbb és átláthatóbb.
Az eddigi hat helyett négy szakmai-politikai államtitkárságra tagolódik a tárca: a Vagyonpolitikáért felelős, a Fejlesztéspolitikai Koordinációért felelős, az Energetikáért és Klímapolitikáért felelős és az Infrastruktúráért felelős Államtitkárságokra.
Az egységes állami vagyongazdálkodás érdekében a Kiemelt Állami Szerződéseket és Támogatásokat vizsgáló Államtitkárság, feladatait és struktúráját megőrizve, a Vagyonpolitikáért felelős Államtitkárság részeként működik tovább. Az összevont államtitkárságot a jövőben Hegmanné Nemes Sára államtitkár irányítja. A Kiemelt Állami Szerződéseket és Támogatásokat vizsgáló Államtitkárság Hegmanné Nemes Sára irányítása mellett sikeresen elvégezte a létrehozásakor kijelölt feladatát: lezárult a PPP szerződések tételes átvizsgálása, megindult a kedvezőtlen konstrukciójú PPP-szerződések újratárgyalása és felszámolása. Halasi Tibor, eddigi vagyonpolitikáért felelős államtitkár a miniszterelnök tanácsadójaként folytatja munkáját a Miniszterelnökségen, megtartva az MNV Zrt. Igazgatósági elnöki tisztségét, és elfoglalva az MFB Zrt. Felügyelő Bizottsági elnöki pozícióját.
Az eddigi két helyettes államtitkárság mellett egy újabbal bővül a Fejlesztéspolitikai Koordinációért felelős Államtitkárság. A Monitoring és Információs Ügyekért felelős Helyettes Államtitkárság élére Fellegi Tamás miniszter kezdeményezésére dr. Földi Enikőt nevezi ki a Miniszterelnök. Az egységes és koncentrált fejlesztéspolitikai koncepció jegyében a fejlesztési miniszter által újonnan felállított Tudásalapú Gazdaságfejlesztéséért felelős Helyettes Államtitkárság is a Fejlesztéspolitikai Koordinációért felelős Államtitkárság alatt működik. Az új helyettes államtitkárság az információs társadalom fejlesztéséért, a tudás- és innováció alapú fejlesztések összességéért felel az infokommunikáció területén, és ellátja a Kormányzati Informatikai Fejlesztési Ügynökség (KIFÜ) felügyeletét. Az Államtitkársághoz csoportosulnak át a zöldgazdasággal kapcsolatos feladatok is az energetikai területről. A minisztérium a 2014-2020-as uniós költségvetési időszakra készülve, az Európa 2020 stratégiával összhangban tehát egységben kezeli a gazdaságfejlesztési, zöldgazdasági és infokommunikációs területeket. A helyettes államtitkár személyéről később születik döntés.
Az Infokommunikációért felelős Államtitkárság megszűnik, távozik a tárcától Nyitrai Zsolt államtitkár. A Kormányzati Informatikáért felelős Helyettes Államtitkárság - változatlanul Vályi-Nagy Vilmos irányítása mellett - közvetlen miniszteri felügyelet alá kerül.
Az eddigi Zöldgazdasági és Klímaügyi Helyettes Államtitkárság átalakul és Klímapolitikáért felelős Helyettes Államtitkárságként folytatja tevékenységét a Klíma- és Energiaügyért felelős Államtitkárságon belül.
A Közigazgatási Államtitkárságon önálló Jogi és Koordinációért felelős Helyettes Államtitkárság alakul Pálffy Ilona Éva vezetésével. A jogi végzettségű szakember 2011. augusztus végéig az Alkotmánybíróság főtitkáraként tevékenykedett. Korábban az Országgyűlési Biztosok Hivatalának hivatalvezetőjeként, és az Igazságügyi Minisztérium közjogi helyettes államtitkáraként dolgozott.