A Legfelsőbb Bíróság és az Országos Igazságszolgáltatási Tanács elnöke szerint csorbíthatja az igazságszolgáltatás függetlenségét, ha egy parlamenti vizsgálóbizottság konkrét bírói döntéseket vizsgál felül. Baka András azután beszélt erről, hogy az Országgyűlés emberi jogi bizottságának jogsértéseket vizsgáló albizottságában főként a fővárosban 2006 őszén első fokon mintegy másfélszáz ember esetében elrendelt, majd pár hét múlva másodfokon 90 százalékban megszüntetett előzetes letartóztatások miatt bírálták az igazságszolgáltatást.
Baka András úgy vélte: ha a vizsgálóbizottságok összetételét, eljárását, más hatalmi ághoz való viszonyát nem szabályozza törvény, akkor fennáll a veszélye, hogy tevékenysége túlterjeszkedik lehetséges kompetenciáján. A főbíró a szabálysértési törvény augusztusban életbe lépett módosításáról azt mondta: néhány hét alatt csak Borsod megye bíróságain 52 ügyben jártak el, ebből 26-ban elzárást, 22-ben pénzbüntetést, háromban figyelmeztetést szabtak ki, egy eljárást pedig bizonyítottság hiányában megszüntettek.