A két rendszerváltó párt 1989-ben már az úgynevezett négyigenes népszavazás kérdésében sem értett egyet, mert míg a kezdeményező SZDSZ a négy igen oldalán állt, tehát úgy vélte, hogy a köztársasági elnököt csak az országgyűlési választások után szabad megválasztani, az MDF nem kívánt állást foglalni, így a bojkottfelhívást választotta.
A rendszerváltást követő első parlamenti ciklusban, bár Antall József, az MDF és Tölgyessy Péter, az SZDSZ akkori elnöke megkötötte a kormányozhatóságot biztosító MDF-SZDSZ paktumot, élesen szemben állt a két párt. A '90-es taxisblokád során, például, miután az Antall-kormány október 25-én 85 százalékos benzináremelést jelentett be, az ellenzékben lévő SZDSZ politikusai a barikádokon szónokoltak, az MDF pedig a kormány melletti szimpátiatüntetést szervezett.
Az 1991 szeptember 26-án, SZDSZ-es politikusok által életre hívott - vélt, vagy valós szélsőjobboldali veszély ellen fellépő - Demokratikus Charta első számú céltáblája Kónya Imre egy dolgozata volt, amelyben az MDF akkori frakcióvezetője úgy vélte, eljött az ideje a keményebb fellépésnek, igazságtételi törvényt kell hozni a kommunista diktatúra felelőseinek megbüntetéséért.
"A személy szerinti felelősséget igenis ki kell mondani, a felelősöket meg kell nevezni, és a főben járó bűnökért az igazságszolgáltatás feladatát is el kell végezni a bíróságoknak" - mondta akkor Kónya Imre.
Pethő Iván, az SZDSZ frakcióvezetője azonban ezzel nem értett egyet: "Én azt gondolom, hogy nem az a feladata az új demokratikus rendszernek elsősorban, hogy igazságtételt teremtsen, hanem, hogy olyan országot rendezzen be, ahol az igazságtétel kérdése többet föl nem merülhet, mert a demokratikus államokban, a demokratikus berendezkedésű országokban ilyen kérdés nem létezik. Utólagos igazságtétel."
A demokratikus charta tagjai felszólaltak Csurka István akkori MDF-alelnök több nyilatkozata ellen is.
Az SZDSZ 1994-es kormányzati szerepvállalásával az ellentétek mélyültek. 1995-ben a Bokros-csomagot leghevesebben a politikai jobboldal támadta, az MSZP és az SZDSZ politikusai általában védelmükbe vették az akkori pénzügyminisztert.
Az MDF és az SZDSZ szembenállása azonban a népszavazások kérdésében nem volt mindig egyértelmű. A NATO-csatlakozásról és az Európai Uniós tagságról tartott referendumokat mindkét párt támogatta, 2004-ben azonban a kettős állampolgárságról tartott népszavazást megelőző kampány során az MDF az igenek, az SZDSZ pedig a nemek mellett foglalt állást. 2008-ban a vizitdíj, a kórházi napidíj és a képzési hozzájárulás megszüntetése kapcsán kiírt referendum előtt az SZDSZ kormányzó erőként a nemek pártján állt, az ellenzéki MDF azonban nem támogatta egyik álláspontot sem.
A két párt viszonya a 2000-es évek során változott meg, az MDF 2002 utáni helykeresésével és közeledésével a baloldalhoz, illetve azzal, hogy az SZDSZ a már említett népszavazást követően kilépett a koalícióból.