Az EITI igazgatótanácsának budapesti alakuló ülése után Magyar Bálint elmondta: az Európai Unióban látják, hogy az ő oktatási minisztersége alatt történt meg a felsőoktatási és kutatási reform Magyarországon.
A szabad demokrata politikust az MTI-nek az innovációs intézet feladatairól azt mondta, hogy annak segítségével szorosabb együttműködést kell létrehozni az üzleti, a felsőoktatási és a kutatói világ között. Hozzátette: az úgynevezett nemzeti korlát okozta akadályok ellen is dolgozniuk kell, mert Európa kutatói potenciálja emiatt nem tud kellőképpen érvényesülni amiatt.
Magyar Bálint elmondta, hogy megfeszített munka vár rájuk, mert a következő néhány hónapban két-három tudás innovációs központ kereteit akarják kialakítani. 2009 első felében már pályázatokat akarnak kiírni, amelyeket az év második felében el is bírálhatnak. Emellett elkészítik a stratégiai innovációs menetrendet, amelyet az EITI-nek 2011-ig kell benyújtania az Európai Uniónak.
A liberális politikus jelöltségét az EITI 18 tagú igazgatótanácsba több támadás is érte. Azzal érveltek a részvétele ellen, hogy aktív politikus, illetve elhangzott az is, hogy nincs meg az állás betöltéséhez szükséges tudományos képzettsége.
Brüsszelben június 18-án született meg a döntés, hogy Budapesten alakulhat meg az Európai Innovációs és Technológiai Intézet.
Az Európai Bizottság egy 4 fős testülete 2008. július 30-án nevezte ki hivatalosan az EITI 18 tagú igazgató tanácsát, köztük Magyar Bálint volt oktatási minisztert. Az EITI Budapesten működő irányító testülete koordináló szerepet tölt be, biztosítja a működéshez szükséges adminisztratív és szakmai hátteret, megszervezi, hogy az adott projektekben az adott kutatás melyik részét melyik intézmény végzi el. A szakmai munka a pályázati úton kiválasztott ún. tudás- és innovációs közösségek (Knowledge and Innovation Communities, KIC) keretében valósul meg, ami az egyetemek, kutatóintézetek és az üzleti szféra autonóm partnerségén alapuló stratégiai innovációs hálózat megalkotását jelenti.
Az EITI 2013-ig mintegy 300 millió eurós költségvetéssel rendelkezik. Munkáját 2009 tavaszán kezdi meg kezdetben 20, később 50-60 fős személyzettel. Első programjai a megújuló energiaforrások, a klímaváltozás és az infokommunikációs technológiák témakörében indulnak.