Több szempontból is aggályosnak tartja a vasúti közlekedés felügyeletét, a műszaki ellenőrzést és a MÁV-nál történt szerkezeti átalakításokat az Állami Számvevőszék. A testület 2002 és 2007 között vizsgálta átfogóan a vasúti teherszállítás privatizációját, a működést, a források felhasználását, valamint a mellékvonalakra vonatkozó döntéseket.
A számvevőszék kifogásolta, hogy a MÁV Cargo Zrt. értékesítésénél nem érvényesült a tartós állami tulajdonra vonatkozó jogalkotói szándék, az ügylet ellentmondásos volt, a bevételt pedig felélte az állami kézben maradt MÁV.
Az ÁSZ megállapítása szerint a cég irányítása bonyolult, ami átláthatatlanná teszi a fejlesztési források felhasználását, nincs elegendő pénz a karbantartásra, a közszolgáltatásnak minősülő személyszállítás teljesítménye csökkent, a társaság ingatlangazdálkodása pedig áttekinthetetlen.
A mellékvonalak tervezett megszüntetésével összefüggésben - a számvevőszék szerint - nem készítettek megfelelő hatástanulmányokat, valamint költség- és eredményelemzést, a társadalmi egyeztetésre pedig rövid idő állt rendelkezésre.