Az eljárás nem tette lehetővé, hogy az elítéltek fellebbezzenek az ítélet ellen, így az azonnal jogerőre emelkedett. A halálra ítélteket, Nagy Imre korábbi miniszterelnököt, Maléter Pál volt honvédelmi minisztert és Gimes Miklóst, Nagy Imre sajtófőnökét a Kozma utcai börtönbe szállították, hogy ott várják be a kegyelmi tanács határozatát.
Ennek eredménye az esti órákban vált világossá, amikor a kegyelmi kérvényeket egyhangúlag elutasították. A határozatot 23 óra tájban hirdették ki, egyúttal közölték velük, hogy kivégzésükre másnap hajnalban kerül sor.
1958. június 16-án hajnali öt órakor a Kozma utcai börtönben a vesztőhelyre vezették őket és felolvasták halálos ítéletüket. A jegyzőkönyv szerint 5 óra 9 perckor elsőként Nagy Imrén hajtották végre a halálos ítéletet, majd Maléter Pál és Gimes Miklós következett. Az orvosok jelentés szerint Nagy Imre szíve 5 óra 16 perckor szűnt meg dobogni, Maléter Pálnál 5 óra 24 perckor, Gimes Miklósnál 5 óra 28 perckor állapították meg a halál beálltát.
Az összedrótozott, kátránypapírba tekert holttesteket arccal lefelé tették koporsóba, majd jeltelenül elföldelték a börtön sétálóudvarán. A koporsókat 1961. február 24-én szállították át a rákoskeresztúri Új köztemető 301-es parcellájába, ahol hamis nevek alatt - Nagy Imrét "Borbíró Piroska" néven - ismét jeltelen sírba tették őket. A sírokat 1989 tavaszán azonosította az exhumálást végző bizottság.
A Kossuth Rádió 1958. június 16-án, pontban éjfélkor ismertette a Nagy Imre és társai ellen lefolytatott perről szóló hivatalos közleményt, amely tudatta, hogy az ítéleteket már végre is hajtották. A közlemény eredeti hangfelvétele már nem található meg a Magyar Rádió hangarchívumában, de a szervezők által rekonstruált hangfelvétel ma, a per hanganyagának lejátszása után hallható lesz a Centrális Galériában.
Itthon a Kővágó-hagyaték
Hazatért Kővágó József irathagyatéka az Egyesült Államokból; Budapest második világháború utáni első polgármesterének, a Független Kisgazdapárt 1956-os főtitkárának emigrációs dokumentumait lánya, Kővágó Katalin ajándékozta a Magyar Országos Levéltárnak.
Gecsényi Lajos, a levéltár főigazgatója a távirati irodának elmondta: legalább egy évtizede nem került haza ilyen nagy terjedelmű és jelentőségű hagyaték a nyugati magyarságtól. Olyan jelentős történelmi személyiségek iratai várnak még a hazai kutatókra az Egyesült Államokban, mint például Jászi Oszkár polgári radikális politikus és gondolkodó, illetve Varga Béla, az 1945-ös nemzetgyűlés elnöke.
Kővágó József hagyatéka több mint tíz folyóméternyi irat: a négy évtizedes egyesült államokbeli emigrációban folytatott levelezés, feljegyzések, beszédek, interjúk kéziratai, cikkgyűjtemények és fotóalbumok, amelyekből részletes képet lehet alkotni az amerikai magyarság kapcsolatrendszeréről, szervezeteiről.
Különösen jelentősek azok a dokumentumok, amelyek megvilágítják a magyar emigráció szerepét az 1956-os forradalom emlékének ápolásában, a forradalom eseményeinek megismertetésében.