Az 1848-as követelések egyike volt, hogy "a nemzeti színek régi jogaikba visszaállíttassanak". Addig ugyanis a Habsburgok fekete-sárga színű lobogói alatt vonultak a magyar seregek is.
A mai lobogó hármas tagolása - a francia minta nyomán - a forradalomra utal, és bár már 1848-49-ben is használták, csak ezt követően állandósult. Az 1848-49-es Honvédség még fehér színű, piros és zöld "farkasfogakkal" szegélyezett zászlók alatt harcolt, közepén a címerrel.
A szabadságharc bukását követően a Habsburg-hatalom betiltotta a magyar nemzeti szimbólumok, így a címer- és a zászló használatát, és visszatért az 1848 előtti birodalmi jelképekhez. Ekkoriban büntették a nemzeti színű lobogók használatát.
1867-től kezdve a piros-fehér-zöld zászló hivatalos lobogó lett. Állami zászlóként 1945-ig az úgynevezett kiscímer szerepelt a közepén, 1946 és 1949 között a korona nélküli "Kossuth-címer", 1949 és 1956 októbere között a szovjet mintára készült "népköztársasági címer".
A Nagy Imre-kormány később visszaállította a korona nélküli Kossuth-címert, mely még a forradalom leverését követő néhány hónapban is hivatalos volt. Az újabb szovjet mintájú, vörös csillagos, úgynevezett Kádár-címer a zászlón soha nem szerepelt.
A lobogó a rendszerváltáskor sem változott, és bár használatban van a címeres változat is, az nem hivatalos. Az állami ünnepségeken gyakorta felvonultatják a korábbi magyar történelmi zászlókat is, köztük a politikai vitákkal övezett árpádsávos zászlót, amelynek a The Times angol napilap is cikket szentelt.